介绍:
多重 PCR 就是在同一个反应管中同时完成多个不同基因扩增的 PCR 反应。这一方法最早报道于 1988 年 ( 6 ) ,已被成功的用于缺失分析 ( 2,8 ) ,突变 ( 14 ) 与多态性 ( 11 ) ,以及定量分析 ( 10 ) 与反转录 PCR ( 7 ) 等多个 DNA 检测领域。
材料与方法:
PCR使用的标准溶液和试剂
100 mM 母液的核苷酸 (dNTP) ( 购于 Pharmacia Biotech [Piscataway, NJ, USA] 或 Boehringer Mannheim [Indianapolis, IN, USA]) (25 mM each dATP, dCTP, dGTP and dTTP).
标准的 10xPCR 缓冲液 (Perkin-Elmer, Norwalk, CT, USA) 包含: 500 mM KCl, 100 mM Tris-HCl, pH 8.3[at 24 ℃ ], 15 mM MgCl 2 .
Taq DNA 聚合酶 (Life Technologies [Gaithersburg, MD, USA]; Perkin-Elmer).
二甲亚砜 (DMSO), 牛血清蛋白 (BSA), 甘油 (Sigma Chemical [St. Louis, MO, USA])
引物 (Genosys [The Woodlands, TX, USA]; Research Genetics [Huntsville, AL, USA])( 终浓度为 10–25 pmol/μL 。引物对 sY 用作检测 Y 染色体上的缺失 (8,16) ;还有 10–15 对引物用于检测 X 染色体上迪谢内肌营养不良基因 (DMD) (4) ;其余引物用于检测 12 号染色体上的多态性位点,引物按 Table 1 和 Figures 2b, 3b,5e 方案组合。
基因组 DNA 使用标准 SDS/ 蛋白酶 K 方法制备 (Boehringer Mannheim)
基本 PCR程序
PCR 反应体积为 25μL ,包括:灭菌的超纯水、 PCR 缓冲液 (1x) 、 dNTP 混合物 (200μM each) 、引物 (0.04–0.6μM each); DMSO, 甘油或 BSA (5%); Taq DNA 聚合酶 (1–2 U/25μL) 和基因组 DNA 模板 (150ng/25μL) 。先加入水,其它组分可以任意顺序加入,加样在冰上进行,加样完成后反应管直接从冰上转入预热到 94 ℃的循环仪加热模块或水浴中。对于放射性标记的反应,在反应开始前立即在 100μL 的反应混合液中加入 1 μCi [ 32 P] dCTP (Amersham, Arlington Heights, IL,USA) 。使用 100μL 、 25μL 、 6.2μL 反应体积得到的结果相同,对于小的反应体积,加样(尤其是 dNTP )至关重要。实验中使用了各种 PCR 仪,经过细微调节后都得到了好的实验结果。
PCR产物的凝胶分析
在 3%SeaKem ? LE 或 NuSieve ? (3:1) 琼脂糖凝胶 (FMC BioProducts, Rockland, ME, USA) 上对 X 、 Y 染色体上非多态性位点的 PCR 产物进行分离,电泳缓冲液分别为 1xTAE [0.04M Tris-acetate; 0.001 M EDTA (pH8.0)] 或 1xTBE [0.09 M Tris-borate; 0.002 M EDTA (pH 8.0)] 缓冲液,电泳在室温下进行,电场强度为 7–10V/cm 。 PCR 产物的上样体积相同,电泳后凝胶用 0.5–1 μ g/mL EB 染色。
当检测位点为多态性位点或需要更高的分辨率时使用测序胶 (6% 聚丙烯酰胺 [PAA]/7 M 尿素 ) 。与上样缓冲液混匀后,每泳道加入约 0.2 μ L 放射性标记的 PCR 产物。凝胶在 0.6xTBE 缓冲液中在 1800–2000 V (60A) 条件下电泳两小时。过夜曝光后得到自显影图像。
结果与讨论 :
在大量实验的基础上,如 Figure1 所示设计出了多重 PCR 的标准方法,其中也包括了许多经常遇到的问题的解决方案。为了便于使用,用斜体字将步骤表与材料和方法中的各点及以下部分联系起来。