一、组织的取材
注意事项：刀要锋利、不能用力向下挤压组织； 组织块不宜过大、及时固定。
二、固定
（一）原则：及时固定、避免RNA酶的污染4％多聚甲醛（0.1M PBS PH7.4，可加1/1000的DEPC）,动物实验标 本最好先灌流固定。
（二）固定液的浓度、固定时间及温度要适宜
1 浓度越高组织结构保存的越好，但mRNA的保存越差；
2 固定时间越长，mRNA破坏的越多；做原位杂交组织固定时间不宜过长，一般24h，不能高温固定（微波可使组织内温度升高），低温可保护RNA不降解（4 ℃冰箱内固定）。
mRNA杂交：最好用冰冻切片
a. 4％多聚甲醛中固定1－2h，浸入15%蔗糖溶液中4℃冰箱过夜，次日切片或保存在液氮中。
b. 取材后直接液氮冷冻，切片后4％多聚甲醛固定10min，空气干燥后－70 ℃低温冰箱保存。
注意：
a. 多聚甲醛与戊二醛混合固定的组织可同时用作光、电镜检查，但不能用于原位杂交实验。
b. 石蜡切片蛋白质交联影响探针穿透，包埋降低mRNA含量
三、玻片和组织切片的处理
玻片的处理：
洗涤：洗涤剂→水洗→洗液（24h）→水洗→双蒸水洗→60 ℃ 烤干→ 250 ℃烘烤4h，锡箔纸包裹无尘存放。
玻片硅化：将烘烤过的载玻片用2％APES丙酮液浸泡3min →用丙酮洗两次→用DEPC处理过的蒸馏水洗1～2次→40 ℃烘干→防尘保存待用。（整个过程要戴消毒手套进行） 未经硅化的玻片可以 涂粘附剂（多聚赖氨酸）
2.增强组织的通透性和核酸探针的穿透性：稀释的酸洗涤、去垢剂Triton X-100或消化酶（蛋白酶k、胃蛋白酶），用量及孵育时间视组织的种类、固定剂的种类及切片的厚薄而定。为保持组织结构，可用4％多聚甲醛再固定。
3.降低背景染色：杂交后的酶处理和杂交后的洗涤。
预杂交：预杂交液不含探针和硫酸葡聚糖，可封闭非特异性杂交点。杂交后用低浓度RNA酶溶液洗涤一次，以减少残留的内源性RNA。
4.防止RNA酶污染：整个杂交前处理过程都需戴消毒手套，所有实验用玻璃器皿和镊子于实验前一日200 ℃烘烤。
四、杂交
将杂交液滴于切片的组织上，加盖硅化的盖玻片以防止杂交液蒸发。（放在湿盒中，37 ℃ 孵育）
五、杂交后处理
用不同浓度、不同温度的盐溶液漂洗，可有效地减低背景染色，RNA酶液的洗涤可将组织中非碱基配对的RNA除去。
原则：盐溶液的浓度由高到低，温度由低到高。
注：切勿使切片干燥。
六、显示
根据核酸探针标记物的种类可进行不同显色处理，原位杂交探针一般是用半抗原地高辛标记的，借助于间接加入的酶（酶标的抗地高辛抗体）使底物显色，常用的酶有辣根过氧化物酶（HRP）、碱性磷酸酶（AP）。
1.AP显色系统：－AP+BCIP→BCL-OH+PiBCL-OH+NBT →蓝紫色↓
2. HRP显色系统：－HRP+H2O2 →HRP.H2O2HRP.H2O2 +ODA-NH2 →棕色↓细胞或组织的原位杂交切片显色后可进行半定量检测，但要注意严格控制实验条件的同一性，包括切片的厚度、核酸的保存量等。
七、对照实验和结果的判断
对照实验的设计须根据核酸探针和靶核苷酸的种类以及
现有可能的条件选定：
1.将cDNA或cRNA探针进行预杂交（吸收实验）。
2.与非特异性序列和不相关探针杂交（置换实验）。
3.将切片用RNA酶或DNA酶进行预处理后杂交，应用同义RNA探针进行杂交。
4.以不加核酸探针杂交液进行杂交（空白实验）。
5.组织对照应用已确定为阳性或阴性的组织进行杂交对照。
6.应用未标记探针做杂交进行对照。
八、阳性信号的评定
1.阳性信号定位于胞浆，蓝色细颗粒状，信号越强颜色越深，阴性对照片中无阳性信号检出。
2.阳性细胞数：阳性细胞数≤10％、 ≤ 30％、 ≤70％和>70％分别计为1、2、3和4分。
3.阳性着色强度：可分为弱、中、强三级，分别计1、2、3分，上述两种计分相加，1～3分为阴性，4～5分为阳性，6～7分为强阳性。
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