利用RNP和DNP在电解溶液中溶解度不同，将二者分离，常用的方法是用1M氯纳提取化钠抽提,得到的DNP粘液与含有少量辛醇的氯仿一起摇荡，使乳化，再离心除去蛋白质，此时蛋白质凝胶停留在水相及氯仿相中间，而DNA位于上层水相中，用2倍体积95%乙醇可将DNA钠盐沉淀出来。也可用0.15 MNaCL液反复洗涤细胞破碎液除去RNP，再以1MNaCL提取脱氧核糖蛋白，再按氯仿---异醇法除去蛋白.两种方法比较。后种方法使核酸降解可能少一些。以稀盐酸溶液提取DNA时，加入适量去污剂，如SDS可有助于蛋白质与DNA的分离。在提取过程中为抑制组织中的DNase对DNA 的降解作用，在氯化钠溶液中加入柠檬酸钠作为金属离子的烙合剂.通常用。15MNaCL，0.015M柠檬钠，并称SSC溶液，提取DNA。

用SDS或二甲苯酸钠等去污剂使蛋白质变性,可以直接从生物材料中提取DNA。由于细胞中DNA与蛋白质之间常借静电引力或配位键结合，因为阴离子去污剂能够破坏这种价键,所以常用阴离子去污剂提取DNA。

苯酚作为蛋白变性剂，同时抑制了DNase的降解作用.用苯酚处理匀浆液时，由于蛋白与DNA联结键已断,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。蛋白分子溶于酚相，而DNA溶于水相。离心分层后取出水层，多次重复操作，再合并含DNA的水相，利用核酸不溶于醇的性质，用乙醇沉淀DNA。此时DNA是十分粘稠的物质，可用玻璃漫漫绕成一团，取出。此法的特点是使提取的DNA保持天然状态。

利用核酸溶解于水的性质,将组织细胞破碎后,用低盐溶液除去RNA，然后将沉淀溶于水中，使DNA充分溶解于水中,离心后收集上清液.在上清中加入固体氯化钠调节至2.6M。加入2倍体积95%乙醇,立即用搅拌法搅出.然后分别用66% 、80%和95%乙醇以及丙铜洗涤，最后在空气中干燥，既得DNA样品.此法提取的DNA中蛋白质含量较高，故一般不用.为除蛋白可将此法加以改良,在提取过程中加入SDS。