一般情况下分离病毒可以用传代细胞、原代细胞或者直接用动物接种或者鸡胚接种，只有在找不到适合病毒生长的原代细胞或者传代细胞的情况下才运用动物接种或者鸡胚接种的方法分离病毒。
大致过程应该是这样的：
第一 获取病毒分离样品
这个要求比较高，采集后如果不能立即操作则必须低温保存，并尽快送实验室操作。另外也可以冷冻保存，一般情况下病毒是不容易冻死的。当然某些特殊病毒除外，这需要查阅相关资料。
第二 病毒分离操作
将获取病样研磨，并冻融至少一次，当然研磨过程中必须低温。同时研磨应充分，在研磨时可以加入生理盐水或PBS或者直接加细胞培养液，研磨完全后冻融一到三次，冻融的目的是为了让细胞完全破裂将细胞内的病毒释放到溶液中。然后低速离心，取上清用0.22微米的滤膜过滤，去过滤后的液体接种细胞。此时须注意，并不是所有病毒接种是都需要让细胞完全长满细胞瓶，一般是不能产生细胞病的病毒最好在细胞长到40%左右接种，而能产生细胞病变的则需要完全长满细胞瓶以后再接种病毒。接种过程中为避免污染可以加入双抗，或者其他抗生素。
第三 接种后观察
某些能产生细胞病变的病毒很容易观察，直接在显微镜下就能看是否分离成功；如果病毒不产生细胞病变，则需要用其他的方法来检测，比如可用荧光抗体染色、PCR或者其他方法。不过大部分情况下第一代都不容易看到或者效果不好，这时你可以再传几代试试。如果再传四~五代以后都没有的话，那恭喜你，你失败了，或者你的方法有问题，或者根本就没有你要分离的病毒，或者在分离过程中你的病毒就已经死了。
用细胞分离病毒大概就是这个过程，当然某些病毒可能还没有相应的传代或者原代细胞，如果要分离就只能用易感动物了，操作都是相似的，无非都是采样、样品处理、接种、接种后检测观察、收集病毒而已。上面说到的方法都是从动物组织中分离，当然如果不是组织，比如你要从粪便或者尿液或取的拭子上分离，则可直接将其用生理盐水、PBS或细胞培养液稀释（要尽量摇匀如果是拭子的话应多挤压摇匀）然后离心取上清过滤接种细胞就可以了。
