根据致病菌与宿主细胞的相互关系，细菌可分为胞外菌和胞内菌。人类致病菌大多为胞外菌，寄居在宿主细胞外的组织间隙和体液中。胞内菌又分兼性胞内菌和专性胞内菌。前者在宿主细胞内寄居繁殖；在体外也可在无细胞环境中生存和繁殖。专性胞内菌则不论在体内或体外必须在细胞内生存和繁殖。感染致病的主要兼性胞内菌有结核杆菌、牛分枝杆菌、麻风杆菌、伤寒杆菌、副伤寒杆菌、布鲁杆菌、肺炎军团菌、产单核细胞李斯特菌等。

     它们主要寄居在单核／吞噬细胞中。麻风杆菌寄居细胞的范围很广，包括神经鞘细胞；产单核细胞李斯特菌常感染肝细胞；结核杆菌在体外可感染多种哺乳动物细胞，但在体内只寄居在Mφ内。专性胞内菌有引起斑疹伤寒、恙虫病的立克次体，Q热的柯克斯体，沙眼、性病淋巴肉芽肿的衣原体等。它们主要寄居在宿主内皮细胞、上皮细胞等非职业吞噬细胞内，有时也可在单核吞噬细胞内发现。

     1．抗胞内菌固有免疫  Mφ可吞噬胞内菌，但由于胞内菌大都具有逃逸吞噬杀伤功能，因此Mφ无法裂解细菌，反而导致细菌的隐蔽和扩散，如结核杆菌感染导致的慢性肉芽肿内有大量感染有结核杆菌的Mφ。但Mφ经胞内菌活化后可分泌IL-12而激活NK细胞，NK细胞担负着重要的早期抗胞内菌防御功能，可有效杀伤和控制胞内菌感染。活化的NK细胞产生IFN-γ，又可激活Mφ的杀菌功能。

     2．抗胞内菌适应性免疫  因特异性抗体不能进入细胞中和胞内菌，清除胞内菌的保护性免疫应答主要依赖于细胞免疫。其中CD4 Th细胞分泌的IFN―γ可活化Mφ杀菌功能；CD8 CTL可有效杀伤被感染细胞，使胞内菌释放，再由抗体等调理后由Mφ吞噬清除。IFN―γ和TNF对于抗结核杆菌或产单核细胞李氏菌感染非常重要。

     在抗胞内菌免疫应答中，Mφ活化分泌细胞因子、Thl的激活也可诱导DTH反应，导致宿主组织损伤，形成慢性肉芽肿。肉芽肿能使炎症反应局限化，并控制病菌的扩散；但造成组织坏死和纤维化，严重损伤组织。