细胞凋亡的检测方法主要包括以下几种：细胞径HE、吖啶橙（AO)、Hoechst33342、Hoechst33258染色，利用光境或荧光显微镜对细胞形态学特征进行观测。其中Hoechst33342/PI双标记法是检测细胞凋亡的常规方法。PI是一种核酸染料，它不能透过完整的细胞膜，由于坏死细胞的膜透性发生改变，则能被PI染色。Hoechst33342是能能够与DNA特异结合的具有良好膜通透性的荧光染料，正常细胞、坏死细胞及凋亡细胞的DNA均可被Hoechst33342染色，当细胞经Hoechst33342/PI双染色后，坏死细胞呈PI强阳性染色（红色），而凋亡细胞或正常细胞呈PI低染，利用荧光显微镜技术结合凋亡细胞核形态的变化就可以将坏死细胞、凋亡细胞和正常细胞区分开来。‚利用DNA凝胶电泳及DNA片段原位标记法（TURNEL assay）检测凋亡细胞DNA的断裂。ƒ利用流式细胞仪检测亚G₁期细胞的比例或利用Annexin V、PI联合标记法检测细胞膜磷脂酰丝氨酸翻转，正常活细胞Annexin V、PI均低染；凋亡细胞Annexin V高染、PI低染；坏死细胞PI高染。