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【动物实验外包服务】-基于高通量测序的不同年龄恒河猴肠道菌群结构差异分析

  目的:观察不同年龄恒河猴肠道菌群结构和丰度的变化。

  方法:50只恒河猴,分为成年(5 ~ 10 岁)、老年(10岁以上)2组,其中成年组33只,老年组17只。 采集动物的新鲜直肠粪便,提取DNA后使用Illumina 高通量测序平台对样本中细菌16SrDNA-V3区进行测序,定量分析肠道菌群的结构和丰度。

  结果:老年组和成年 组获得的优化序列数差异无显著性(P> 0.05)。 α-多样性分析,老年组恒河猴肠道菌群的 Chao1 指数(P= 0.0174)、Simpson指数(P=0.0258)、ACE指数(P=0.0121)与成年组比较降低,Shannon指数与成年组比较升高(P =0.0132)。 老年组与成年组相比,在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度升高(P=0.0013),厚壁菌门 (Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、粘胶球形菌门(Lentisphaerae)相对丰度降低(P =0.028 P =0.000 P =0.048 P =0.0242)。 在 科 水 平,Prevotellaceae 相 对 丰 度 升 高(P =0.0001), Ruminococcaceae、Clostridiales、Spirochaetaceae、Christensenellaceae相对丰度降低(P=0.0039,P=0.0080,P=0.000  P=0.0021)。 在属水平,老年组 unidentified_Prevotellaceae 相对丰度升高(P=0.0001),乳杆菌属(Lactobacillus)、八 迭球菌(Sarcina)、unidentified_Spirochaetaceae 相对丰度降低(P=0.0114,P=0.0227,P=0.0028)。 β-多样性分析,老 年组肠道菌群与成年组分布在不同区域,差异有显著性(P=0.003)。 LEfSe 分析,在成年组,链球菌属 (Streptococcus)、布赫纳氏菌属(buchnera)、乳杆菌属(lactobacillus)是具有统计学意义的生物标记物。

  结论:恒河猴 肠道菌群的结构随年龄增长而改变。 丰度降低,多样性增高。

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