1 样品RNA的抽提

 

      ①取冻存已裂解的细胞，室温放置5分钟使其完全溶解.

 

      ②两相分离 每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿，盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后，15到30℃孵育2到3分钟。4℃下12000rpm离心15分钟。离心后混合液体将分为下层的红色酚氯仿相，中间层以及无色水相上层。RNA全部被分配于水相中。水相上层的体积大约是匀浆时加入的TRIZOL试剂的60%

 

      ③RNA沉淀 将水相上层转移到一干净无RNA酶的离心管中。加等体积异丙醇混合以沉淀其中的RNA，混匀后15到30℃孵育10分钟后，于4℃下12000rpm 离心10分钟。此时离心前不可见的RNA沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。

 

     ④RNA清洗 移去上清液，每1mlTRIZOL试剂裂解的样品中加入至少1ml的75%乙醇（75%乙醇用DEPCH2O配制），清洗RNA沉淀。混匀后，4℃下7000rpm离心5分钟。

 

     ⑤RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液，使RNA沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。

 

     ⑥溶解RNA沉淀 溶解RNA时，先加入无RNA酶的水40μl用枪反复吹打几次，使其完全溶解，获得的RNA溶液保存于-80℃待用。

 

     2 RNA质量检测

 

     1）紫外吸收法测定

 

     先用稀释用的TE溶液将分光光度计调零。然后取少量RNA溶液用TE稀释（1:100）后，读取其在分光光度计260nm和280nm处的吸收值，测定RNA溶液 浓度和纯度。

 

     ① 浓度测定

 

     A260下读值为1表示40 ?g RNA/ml。样品RNA浓度(?g/ml)计算公式为：A260 ×稀释倍数× 40 ?g/ml。具体计算如下：

 

     RNA溶于40 ?l DEPC水中，取5ul，1:100稀释至495?l的TE中，测得A260 = 0.21

 

     RNA 浓度= 0.21 ×100 ×40 ?g/ml = 840 ?g/ml 或 0.84 ?g/?l

 

     取5ul用来测量以后，剩余样品RNA为35 ?l，剩余RNA总量为：

 

     35 ?l × 0.84 ?g/?l = 29.4 ?g

 

     ②纯度检测

 

     RNA溶液的A260/A280的比值即为RNA纯度，比值范围1.8到2.1。

 

     2）变性琼脂糖凝胶电泳测定

 

     ①制胶

 

     1g琼脂糖溶于72ml水中，冷却至60℃，10 ml的10× MOPS电泳缓冲液和18 ml的37% 甲醛溶液(12.3 M)。

 

     10×MOPS电泳缓冲液

 

      浓度  成分

 

     0.4M  MOPS，pH 7.0

 

     0.1M  乙酸钠

 

     0.01M  EDTA

 

     灌制凝胶板，预留加样孔至少可以加入25 ?l溶液。胶凝后取下梳子，将凝胶板放入电泳槽内，加足量的1×MOPS电泳缓冲液至覆盖胶面几个毫米。

 

     ②准备RNA样品

 

     取3?gRNA，加3倍体积的甲醛上样染液，加EB于甲醛上样染液中至终浓度为10?g/ml。加热至70℃孵育15分钟使样品变性。

 

     ③电泳

 

     上样前凝胶须预电泳5min，随后将样品加入上样孔。5-6V/cm电压下2h，电泳至溴酚兰指示剂进胶至少2-3cm。

 

     ④紫外透射光下观察并拍照

 

     28S和18S核糖体RNA的带非常亮而浓（其大小决定于用于抽提RNA的物种类型），上面一条带的密度大约是下面一条带的2倍。还有可能观察到一个更小稍微扩散的带，它由低分子量的RNA（tRNA和5S核糖体RNA）组成。在18S和28S核糖体带之间可以看到一片弥散的EB染色物质，可能是由mRNA和其它异型RNA组成。RNA制备过程中如果出现DNA污染，将会在28S核糖体RNA带的上面出现，即更高分子量的弥散迁移物质或者带，RNA的降解表现为核糖体RNA带的弥散。用数码照相机拍下电泳结果。

 

     3 样品cDNA合成

 

     ①反应体系

 

     序号  反应物  剂量

 

     1  逆转录buffer  2μl 

 

      2  上游引物  0.2μl

 

     3  下游引物  0.2μl

 

     4  dNTP  0.1μl

 

     5  逆转录酶MMLV  0.5μl

 

     6  DEPC水  5μl

 

     7  RNA模版  2μl

 

     8  总体积  10μl

 

     轻弹管底将溶液混合，6000rpm短暂离心。

 

     ②混合液在加入逆转录酶MMLV 之前先70℃干浴3分钟，取出后立即冰水浴至管内外温度一致，然后加逆转录酶0.5μl，37℃水浴60分钟。

 

     ③取出后立即95℃干浴3分钟，得到逆转录终溶液即为cDNA溶液，保存于-80℃待用。

 

     4 梯度稀释的标准品及待测样品的管家基因（β-actin）实时定量PCR

 

     ①β-actin阳性模板的标准梯度制备 阳性模板的浓度为1011，反应前取3μl按10倍稀释（加水27μl并充分混匀）为1010，依次稀释至109、108、107、106、105、104，以备用。

 

     ②反应体系如下：

 

     标准品反应体系

 

     序号  反应物  剂量

 

     1   SYBR Green 1 染料  10μl

 

     2  阳性模板上游引物F  0.5μl

 

     3  阳性模板下游引物R  0.5μl

 

     4  dNTP  0.5μl

 

     5  Taq酶  1μl

 

     6  阳性模板DNA  5μl

 

     7  ddH2O  32.5μl

 

     8  总体积  50μl

 

     轻弹管底将溶液混合，6000rpm短暂离心。